Darwin utilizó repetidamente la hipótesis de la ascendencia común como plataforma sobre la que construir sus diversas ideas sobre la comprobación de hipótesis relativas a la selección natural. También argumentó que las similitudes adaptativas aportan pocas o ninguna prueba de la ascendencia común. Aunque hay que matizar esta segunda afirmación, Darwin tenía razón al afirmar que pueden existir numerosas pruebas de una ascendencia común aunque ninguna de las características que observamos haya sido causada para evolucionar por la selección natural.