"Naturalismo metodológico" y "naturalismo metafísico" son términos que aparecen a menudo en la continua batalla entre biología evolutiva y creacionismo/diseño inteligente. La tesis metodológica dice que las teorías científicas no deben postular entidades sobrenaturales; la tesis metafísica dice que tales entidades no existen. En este debate, Dios es la entidad sobrenatural en cuestión; la cuestión no es si la ciencia puede hablar de entidades matemáticas si el platonismo es correcto.